Основной тенденцией взаимоотношений между бюджетом Санкт-Петербурга и федеральным бюджетом является законодательное сокращение собственных источников доходов бюджета Санкт-Петербурга за счет закрепленных и регулирующих налогов с перераспределением доходов в пользу федерального бюджета с одновременной передачей в бюджет Санкт-Петербурга расходных полномочий, частично покрываемых финансовой помощью из федерального бюджета, в том числе:

•  субвенции из Федерального фонда компенсаций;
•  субсидии из Федерального фонда софинансирования социальных расходов;
•  дотации на поддержку мер по обеспечению сбалансированности бюджетов;
•  дотации и субвенции.

Кроме того, с 2001 года из федерального бюджета в бюджет Санкт-Петербурга передаются средства на реализацию Федеральной адресной инвестиционной программы, в состав которых с 2005 года включены субсидии на финансирование дорожного хозяйства.